Hola, es probable que tu problema sea el que indicas y tengas mal configurados los micropasos por milímetro del eje Z.
Para no repetirlo, puedes ver como comprobar el valor que tienes configurado en este momento y como cambiarlo en
esta respuesta.
Tendrás que comprobar que paso tienen los husillos que monta tu impresora. Lo más habitual es que sean T8 de 8mm de paso, con lo que el valor a configurar sería 400.
Cuando son varillas roscadas M8 (paso 1,25 mm), el valor es 2560, que es posible sea el que tienes configurado en este momento.
Si es así, el eje Z se está moviendo 6,4 veces más que la distancia requerida. Es decir, si mandas subir 10 mm el eje Z, subirá en realidad 64 mm.