No tienes porqué disculparte, no es ninguna molestia, para eso está el foro.
Efectivamente, la estructura de tu impresora está algo deformada y los ejes no son ortogonales, además tienes una ligera desviación de la medida en el eje X, que debes corregir antes de poder solucionar el otro problema.
Para ello, tienes que cambiar el valor configurado para los micro pasos por milímetro de ese eje: el valor a configurar sería el actual multiplicado por 0,9987.
Para corregir la ortogonalidad, debes hacer lo siguiente:
1- En el programa de diseño que utilices, crea un archivo STL que contenga un prisma de base cuadrada de lado igual a 100 + 2 * AL mm, siendo AL el ancho de línea que tengas configurado y de 1 mm de altura.
Por ejemplo, si tienes 0,4mm de ancho de línea, el prisma tiene que tener las medidas 100,8 x100,8x1mm: naturalmente, estoy dando pos supuesto que tienes bien calibrada la extrusión y que la impresora te hace las líneas del ancho configurado.
2- En el programa de corte que utilices y con el perfil habitual, configura para que genere la pieza sin paredes superiores ni inferiores, con solo un perímetro y sin relleno.
3- Imprime la pieza y cuando termine, sin que se enfríe (para que no se despegue), toma por el interior de la figura (con la parte del calibre que se utiliza para medir interiores), las medidas AC, BD y AD:
4- En el archivo
Configuration.h de Marlin, configura así las siguientes líneas:
[b]...
#define SKEW_CORRECTION
#if ENABLED(SKEW_CORRECTION)
// Input all length measurements here:
#define XY_DIAG_AC <el valor de AC>
#define XY_DIAG_BD <el valor de BD>
#define XY_SIDE_AD <el valor de AD, que debería ser 100,00>
// Or, set the default skew factors directly here
// to override the above measurements:
// #define XY_SKEW_FACTOR 0.0
No te olvides de comentar la última línea.
Compila y graba el firmware en la placa, sin olvidar refrescar la EEPROM al finalizar, enviando los comandos M502 y M500 o por las opciones del menú de la pantalla.