Hola @
lucaspc82, bienvenido al foro.
Si realmente el eje Z se mueve como debe, entonces el problema tiene que estar en el archivo gcode de la pieza. Doy por sentado que estarás utilizando varios archivos distintos, con el mismo resultado en todos ellos.
Para saber si es el programa de corte quien no está generando bien los archivos de impresión, tienes dos opciones: si conservas un gcode antiguo que hayas impreso bien en el pasado, prueba con él a ver si se resuelve el problema. Si no lo tienes, tendrás que investigar dentro de uno de los archivos que se están imprimiendo mal, a ver si están correctas las alturas de las capas por encima de esos 5 mm que indicas.
Para esto último, abre el archivo gcode de la pieza con un editor de texto (el Bloc de notas sirve perfectamente), localiza el comienzo de una capa que se encuentre por encima de esos 5 mm, comprueba el parámetro Zxx (donde xx es la altura a la que se encuentra esa capa) de la orden de movimiento que sube la altura de capa y hazlo para varias capas sucesivas.
Si la altura de esas capas no varía y está entorno a esos 5 mm que indicas, entonces el problema está en el programa de corte.
Si las capas tienen alturas distintas que se incrementan con el valor de la altura de capa programada, el problema está en el movimiento del eje Z y tendrás que revisarlo para corregir el problema.