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Lautaro Alvarez, bienvenido al foro.
En todas las impresoras que conozco, el ventilador de capa está controlado por el firmware: si está bien conectado en la placa, su encendido y apagado se controla mediante los comandos gcode M106 Sxxx, que lo enciende y fija su velocidad en función del valor de xxx (0=apagado, 255=máxima velocidad) y el M107 que lo apaga (equivalente a M106 S0).
Todos los programas de corte (laminadores o slicers) tienen la posibilidad de configurar cuando y cómo se enciende y apaga este ventilador, siendo lo más común que esté apagado cuando no se imprime, se deje apagado al imprimir la primera capa, para mejorar la adhersión de la pieza a la base de impresión y se active a partir de la segunda capa.
Si en tu caso este ventilador está encendido al comenzar las impresiones y se apaga, debes comprobar la configuración que tienes en el programa de corte.
Sobre lo que indicas de tenerlo siempre encendido, no tiene mucho sentido hacerlo así, pues es someterlo a un desgaste inútil, ya que solo es necesario durante las impresiones.